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食用菌工厂化生产的加湿方法主要有超声波加湿、高压微雾加湿和蒸汽加湿。超声波加湿设备的振动子产生的雾粒，直径小于5微米，加湿效率高，加湿后不产生滴水现象，但对水质要求高，需要软化处理，去除水中的水溶性无机物和杂质，振动子需定期换，是食用菌工厂化生产中使用广泛的加湿设备。高压微雾加湿设备，通过高压泵对水加压到4.9×106兆帕以上，再经过高压管输送到喷嘴，雾粒直径小于15微米，水雾从液态变成气态，在空气中吸收热量，起到降温和加湿作用。这种设备主要适于面积较大的培养室。蒸汽加湿设备，蒸汽管直接通入栽培车间，起到加热和增湿作用，这种设备主要适用于北方寒冷、干燥的食用菌栽培室。
以工厂化生产双孢菇为代表的草腐菌生产模式所需的设施、设备有：菌种生产设施、设备：如培养基装瓶(袋)室、灭菌室、接种室、菌种培养室；装瓶(袋)机、高压或常压温灭菌设备、接种设备、恒温培养箱、电冰箱、空调机等。栽培料发酵处理设施、设备：如原料存放场地、一次发酵场地、二次发酵设施、麦秸和稻草切杆机、翻料机械等。出菇生产必需的设施、设备：包括覆土准备场地、发菌、出菇车间，分级、包装车间等；设备有栽培层架、温度控制设备、湿度控制设备、光照控制设备、通风换气设备等。
食用菌生产拌料的关键点主要有两个：一是搅拌促使原材料混合物和湿度的均一性，无死角，无干料块；二是确保在搅拌的过程中不致使原料酸败，因此拌料时应注意做好以下几方面工作。针对不同原材料采取不同的调湿方法，木屑可以通过室外日晒雨淋，以促使其提高自身含水量；棉籽壳可在搅拌前浸入水池中，使其充分吸水，从而减少搅拌的时间；营养辅料如麸皮、米糠、玉米粉等较易酸败的物质，应先倒入主料搅拌调湿，在装料前半小时将营养辅料倒入搅拌，1.5小时内完成装瓶或装袋，并且要立即灭菌；由于玉米芯含有丰富的糖质，搅拌时间长、不马上装料灭菌，*引起酸败，应采用浸水短期预湿的方法使其增加含水量，减少搅拌时间；高温季节，在搅拌机上方可以安装风扇，及时排除搅拌过程中产生的热量，以避免和减轻发热、酸败。

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原种培养须注意提前几天打扫培养室，对墙壁、地面要进行清洗，并严格消毒处理后方可使用。培养室要求保持空气干燥、清洁、避强光，留有能启闭的通风口，空气流通无死角。将接种后的原种瓶搬入培养室，保持温度在25℃左右，保持空气湿度55-65%。一般3-5天菌丝即可吃料，7-10天菌丝即可封面。待菌丝封面后，加强通风换气，保持室内空气新鲜，一般培养25-85天菌丝即可长满瓶。
培养期间要随时检查，发现污染杂菌应及时采取措施。原种瓶内杂菌滋生部位不同，其污染原因亦不同:如棉塞受潮，空气湿度过大，瓶口部位易滋生红色链孢霉。如瓶内上下均发生绿霉及毛霉等杂菌，则可能是灭菌不彻底。如随机发现接种块四周发生杂菌，则可能是接种操作不熟练或棉塞过松所致。如紧邻几瓶的种块全部滋生杂菌，可能是母种带杂菌或接种工具灼烧灭菌不严。不管哪种情况，一发现杂菌危害后，及早*，以防蔓延导致大批菌瓶发生杂菌感染。初期污染的种瓶可重新彻底灭菌，重新接种，不可延误。
优良原种的主要标准是：从原种瓶中随机挖取一块菌种，成块而有韧性，不松散，将种块接于新的培养基上，在25℃下培养菌种萌发正常；瓶塞有食药用菌*特的芳香味，无霉味和酸臭味；菌丝洁白无杂菌，棉塞纸盖均无霉点，菌丝满瓶。菌丝长满瓶后，表面分泌茶色液滴，有少数原基形成，可视为正常。栽培种培养基的配制、接种及培养方法和原种基本相同，主要不同点有二: 一是原种用试管母种进行接种繁殖，而栽培种是以原种再接种繁殖；二是栽培种所用的容器除了菌种瓶、罐头瓶外，还可用各种规格的聚丙烯塑料袋做培养料容器。
常用的菌种保存方法如下∶斜面低温保藏，该法的优点是保藏方便且所占空间较小，斜面低温保藏方法简便易行，能随时观察保藏菌株的活力和纯度，一旦染杂，肉眼能及时发现。经常换培养基同一菌株若长期使用某一培养基，菌丝的生长速度减慢，会出现菌丝细弱、断节、稀疏的现象，这是因为菌丝一直生长在半合成的同一基质上，与其自然生长环境不同，某些酶和活性物质长期得不到启用，会钝化或丧失活力；通过换培养基，特别是**营养物质的换能改变碳、氮、矿质元素成分，恢复菌丝活力。菌龄和保藏温度须适合，待保藏菌种的菌丝培养菌龄与保藏期的长短有关。如木耳、姬松茸的菌丝长满斜面后再培养2-3天，让菌丝浓密、粗壮，有利于菌种对低温的抵御，冰箱温度设置在4-8℃，可延长菌种的生命活力；而平菇、金针菇等菌种在菌丝刚长满或将长满斜面时即可放入冰箱，这些品种的菌丝本身耐低温，在低温条件下也能缓慢生长，冰箱的保藏温度好在0-4℃，可延缓金针菇斜面产生子实体。

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食用菌不是人加工出来的，而是靠菌物生长出来的，它是一个高效的物质生命过程，而我们面对的则是这个过程的复杂性、变化性、模糊性和随机性。常规的工厂化生产主要通过“人菇对话”的形式，经验性的解决生产技术问题，环境变化、季节变化，所采取的技术措施也在发生变化，生产过程稳定性差，产量、质量波动性大；为了将这一复杂问题简单化，采用垂直流式气流组织形式及温度、湿度、通风多项因子联动智能化控制技术，较大满足了高密度、立体化、工厂化栽培条件下的小平菇个体的均衡生长，生产过程产量高、质量好、稳定性好。
岀菇室采取了垂直送风的气流组织形式，需要在菇房顶部采用排管均衡岀风, 将一般的室内机和室外机合为一体, 考虑到新风系统。工厂化生产为单一品种的周年化培植，由于一年四季环境温度差异较大，工厂化岀菇房相对密闭与保温，因此，人工设施调控菌物生育环境成为关键的技术，它形成了菌物生长的生命支持系统；在这人工生境系统中，温、湿、光、气（风）是为重要的生态因子，它们对食用菌生长的影响往往呈现一种交互作用。如：引入新鲜空气的同时，会引起菇房内湿度的波动和温度的变化；而制冷降温的同时，又会导致相对湿度下降；温度的上升又会引起CO2浓度的升高等。此种交互作用，尤其是通风换气对菇房环境的影响大。
目前各食用菌工厂都沒有解决好菇房的通风换气问题，普遍存在通风換气不彻底，菌物在缺氧或严重缺氧狀态下生长发育，长时间处于一种“亚健康” 生长状况，肯定是产量和质量欠佳，并且常常引发各种病害的发生。这也是目前食用菌工厂化生产稳定性差的主要因素，这一问题得到解决或改善，其它矛盾也就迎刃而解，我们在设计食用菌工厂化生产人工生境系统时，要特别重视制冷、加湿、光照、通风等各系统之间的协调与相互匹配，并以大的可能，减少他们之间的能量消耗；可采取小温差型设计，以降低制冷运行过程对于相对湿度的影响；采用送囬风管-高风压空调垂直气流场，使菇房温度、湿度、CO2浓度均衡，无“死角”， 较大的满足高密度、立体化栽培条件下的菌菇个体均衡生长等。